1. Pengendali dalam bilik bersih mesti mematuhi peraturan operasi bilik bersih dengan ketat. Pintu dan tingkap bilik bersih hendaklah sentiasa tertutup. Perlu ada zon penampan untuk pemindahan kakitangan dan barang antara bilik bersih dan bukan bilik bersih, dan perlu ada peralatan mandi udara untuk mengelakkan perolakan aliran udara. Kakitangan yang tidak berkaitan dengan pengeluaran tidak dibenarkan memasuki bilik bersih.
2. Kekerapan pertukaran udara dalam bilik bersih dan volum bekalan udara sistem penulenan penghawa dingin adalah faktor dalaman utama yang mengekalkan tekanan positif dan kebersihan bilik bersih, tetapi mereka dikekang oleh rintangan akhir penapis sama sekali tahap dalam sistem penulenan.
3. Peralatan dalam bilik bersih memerlukan pembersihan dan penyelenggaraan yang tetap, berjadual dan dikendalikan, dan sama ada bahan dan cecair pembersih yang digunakan dalam pembersihan mematuhi peraturan pengurusan bilik bersih.
4. Bagi pengguna, kebersihan bilik bersih adalah kebimbangan utama mereka. Sumber pencemaran terbesar dalam bilik bersih yang berjalan adalah orang dan barang yang memasuki bilik. Zarah habuk yang dihasilkan semasa pengeluaran juga merupakan faktor lain yang mempengaruhi kebersihan dalaman.
5. Pemisahan munasabah orang dan logistik adalah sangat penting untuk mengekalkan kebersihan dalaman. Sebelum memasuki bilik bersih, adakah orang ramai menukar pakaian, meniup dan mandi, dan sama ada pakaian mereka memenuhi piawaian pengurusan kebersihan? Sesetengah kakitangan dengan proses pengeluaran khas dan keperluan kebersihan yang tinggi juga perlu mandi sebelum masuk; Sebelum memasuki bilik bebas habuk, sama ada pembungkusan telah ditukar dan sama ada bahan yang diganti memenuhi piawaian bilik bersih, dsb.